权证有两种结算方式：现金结算和实物结算。实物结算又称为证券给付方式结算、证券结算、实物交割等。
现金结算的权证行权时，发行人向行权人支付证券结算价格与行权价格之间的差价，不涉及证券交收。证券的结算价格为行权日前十个交易日标的证券每日收盘价的平均数。现金结算的权证行权时若处于价内，则自动行权；若处于价外，则不能行权。
实物结算的权证行权时涉及证券实物的实际交收。认购权证行权时，权证持有人向发行人支付现金，同时获得相应数量的证券；认沽权证行权时，权证持有人向发行人支付证券，同时获得相应数量的现金。实物结算的权证不能自动行权，行权人必须主动申报。
目前我国权证市场上所有因股权分置改革而产生的股改权证以及上市公司因融资需求而发行的股本权证均采用的是实物结算，因此权证持有人必须在行权日主动提出行权申报。采用实物结算方式的权证在行权时，认购权证持有人必须保证帐户上有足够的现金，而认沽权证持有人则必须保证帐户上有与待行权的权证数量一致的证券。例如包钢认购权证(简称包钢JTB1，代码580002)的行权价是1.94元，如果投资者要对1000份包钢JTB1行权，则需保证资金帐户中至少有1.94＊1000＝1940元现金，此外还需一定的过户费等其他相关费用。行权成功后，投资者可获得1000份包钢股份，并可于下一个交易日对这部分股票进行操作。
需要指出的是，采用实物结算方式的认购权证行权后，投资者因此而获得的证券要在行权后的下一个交易日才可操作，因此行权所得到的证券面临风险暴露，行权收益受行权后正股价波动的影响。(中信证券)